В МАОУ "Гимназия № 39" функционируют кабинеты педагогов-психологов и логопедов, дефектологов. Возможно оказание психолого-педагогического сопровождения и другой консультативной помощи обучающимся с ограниченными возможностями здоровья, имеющими проблемы в обучении, общении и социальной адаптации.
За счёт бюджетных ассигнований муниципального бюджета детям с ОВЗ и инвалидностью предоставляется бесплатное питание.